Die Stiftung steht unter dem Patronat der Offiziersgesellschaft des Kantons Zürich. Diese ist dafür verantwortlich, dass die Winkelriedstiftung ihrem Zwecke nicht entfremdet wird.

Die Geschäfte werden vom Verwaltungskomitee geführt, welches aus neun Mitgliedern besteht. Vier Mitglieder gehören Offiziersgesellschaften an, vier Mitglieder sind Angehörige der Unteroffiziersverbände. Das Vizepräsidium wird vom jeweiligen Vorsteher der Direktion für Soziales und Sicherheit des Kantons Zürich wahrgenommen.